爱沙尼亚马(Estonian Native)也被称为爱沙尼亚土著马，爱沙尼亚克莱普尔马，或称为爱沙尼亚马，是起源于爱沙尼亚的一个相对较小的马种。它起源于2800多年前。爱沙尼亚马影响了一些波罗的海马品种，包括托里马。这种品种很强壮，对疾病有抵抗力。这种品种在爱沙尼亚最常见。爱沙尼亚的马相当小，从马肩隆处测量有150厘米。它很强壮，但不是很笨重。最常见的颜色是黑色，赤褐色，栗子和灰色。该品种工作不知疲倦并且拉力很大，非常适合农业工作，性情随和。这有助于该品种在儿童骑乘中使用，这也是为什么这个品种能够存活下来的主要原因。 除了冬季，大多数饲养者让他们的牧群生活在自然的草场条件下，而且这种品种仅靠饲料喂养得很好。这使得该品种健康并且可以持续奔跑。他们的外表并不出众。头部小，轮廓直，原始的面部轮廓。这种品种很亲近人，易于骑乘，价格低廉，而且通常寿命很长.。这种品种现在用于旅游。芬兰有一个爱沙尼亚马品种协会。

爱沙尼亚马是5000多年前生活在北欧的原始森林马的后裔，该品种被认为是其他马品种的祖先，如北瑞典马和挪威多勒康伯兰德马。爱沙尼亚马保留了其原始马的品质和外形，因为其他马品种对该品种影响不大。然而，人们认为，该品种与现已灭绝的厄兰岛马融合在一起，因为大量的厄兰岛马都曾一度出口到爱沙尼亚。由专注研究厄兰岛马的协会所授权的测试表明，这两个品种遗传历史相似。在十一世纪，一位名叫不莱梅亚当的旅行者认为爱沙尼亚人因拥有大量的黄金和马匹而显得很富有。 第一次世界大战后，实施了一项育种计划，以帮助恢复在战争期间死亡后保存下来的马品种。“爱沙尼亚本土种马协会”和爱沙尼亚纯种马血统证书于1921年创立。到1937年，只注册了13匹马，爱沙尼亚马由于数量稀少而开始近亲繁殖。这导致马成年缓慢，并减缓了品种的发展。随着运输和农业的机械化，马匹已经过时，除了萨雷马岛和希乌马岛的马匹，该品种几乎灭绝。随着少数马匹留在大陆，该品种最终在一个新的育种计划的帮助下复苏，在爱沙尼亚该品种的数量现已经达到1000匹。该品种近期与芬兰马杂交，以增强其体型，但值得注意的是，这两个品种都是森林马的后代。 1992年，该协会在上世纪80年代失败后重新开始。2000年，成立了新的协会来保护该品种。2005年，瑞典引进25匹育种马，以重现与基因密切相关的、已灭绝的厄兰岛马。然而，这种马并不叫做厄兰岛马，而是“爱沙尼亚小型种马”。

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