与那国马（Yonaguni）是日本体型较小的马品种之一。它们大部分来自北海道。据认为，该马品种历史可以追溯到2000年前。京都大学的肯野泽（Ken Nozawa）教授在1983年宣称，该品种的基因特征表明，该马品种与韩国济州马品种有联系。 与那国马是小型马品种，体高通常在112厘米。该马品种是非常罕见的，在日本只有不到200匹。它们是日本本土的八种马品种之一。 与那国马体色通常是栗色。头部较大，眼睛明亮，耳朵较小。颈短而健硕; 肩部笔直; 背部很长; 臀部高举，尾部随之高翘; 尾节微倾; 腿往往倾向于张开; 腿部修长垂直，蹄质坚实。性质温和，非常强壮，耐性良好。

关于与那国马的起源知之甚少。在日本的该马品种一般可以分成两组，一组是来自北海道体型较大的马匹，另一组是来自与那国岛体型较小的马匹。许多人认为，在大约两千年前的绳文时代（Jyomon Period），有小马是从南方的岛屿引进而来的。京都大学的肯野泽（Ken Nozawa）教授在1983年宣称，该马品种的基因特征表明了与韩国济州种马有关系。 该马品种由于没有与其他马匹进行杂交，使得其保留了原有的独特形态。在古代，与那国马被用于耕作，农业和运输木材，但是自从有了现代机械，该马品种就已经失去了以前的价值，因此人们不在培育它们。这导致它们的数量在1975年下降到只有59匹。在1996年，约有75匹马生活在八重山群岛（Yaeyama Islands）西侧的与那国岛东部和北部牧场里。在同一年，为了保护该马品种，成立了一个委员会。这鼓励人们在岛屿的北部和西部地区重新开始培育它们，因此它们的数量增加到大约100-120匹。该品种被是精心管理着，目前，它们的主要用途是吸引游客，该马品种已经成为这个岛的象征。

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